朱元璋是踩着明教上位的，为什么却要剿灭明教呢？
明教是从中东地区传来的宗教，在它的影响下，抗元的起义军掀开了元朝的天，建立了强大的起义武装，并在之后建立了大明王朝。
太平天国以宗教起家，以宗教立国，拜上帝教与太平天国息息相关，休戚与共。正如夏春涛先生所说，能不能正确地回答这个问题，关系到能不能客观而公正地看待太平天国的历史和思想。
根据《辞海》的解释，邪的意思是不正当、不正派，或者指妖异怪诞。那么，邪教也就是不正当、不正派的宗教，或者指妖异怪诞的宗教。
邪与正相对，不是正教，就是邪教。
邪教一词，古已有之。至少，在宋代就已经比较流行。
汉代的太平道、五斗米道，北朝出现的弥勒教(后来发展为白莲教)，唐代传入的摩尼教(又称明教)，先后被官府称为“妖道”或者“妖术”。明教被称为邪教(又称魔教)之后，民间秘密宗教终于有了一个统一的称呼——邪教。
说到底，历代王朝为了维护自己的统治和利益，只认可有利于控制平民的宗教，比如麻痹苦难群众反抗意志的精神麻醉剂——佛教。
官府最认同的是数千年正统——儒教(儒家思想)，其他与之背道而驰的民间秘密宗教，均称之为邪教。
更绝的是明太祖朱元璋，踩着明教的肩膀登上大明帝位，随即就过河拆桥，宣布包括明教在内的所有民间秘密宗教组织都是邪术，严加查处。
清政府视儒家理学为正教，将拜上帝教视为与白莲教类同的邪教，一点也不奇怪。作为反政府的理论武器，拜上帝教被视为异类，受到打压、诬蔑和封杀，自在情理之中。
邪教一词，其实并不是中华特产。国外也有类似称呼，为之兴起的血雨腥风，也是史不绝书。天主教统治天下之时，对于异己学说，特别设立宗教裁判所，进行严打严惩。伽利略被关起来吃牢饭，布鲁诺被烧死在鲜花广场，都是生动而血腥的案例。
综上所述，邪教主要是朝廷对民间秘密宗教的称呼，是政治“打假”，没有令人信服的评判标准。
有人可能会说，按照现在的标准，拜上帝教不就是邪教嘛!
既然如此，那就不妨按照现代标准，来考查一下拜上帝教的理论和实践。
一般情况下，人们往往把以下几条标准，作为辨别邪教的依据：
一是神化首要分子，吹嘘头领手眼通天;
二是装神弄鬼，以世界末日吓唬人，入教平安，不入危险;
三是控制教众人身自由，防范严密;
四是敛财，以各种名义将教众财富据为己有;
五是奸淫，教主一般都是大淫棍、大色狼，年轻漂亮的女教徒往往成为他们的猎物。
但实际上，第一条只能算是宗教的特征，并不是邪教的专利。哪一种宗教没有神化的超能力?哪一种宗教是客观唯物主义?
第二条说法并不完全对。老百姓之所以害怕带恐怖色彩的宗教预言，除了他们的无知外，更重要的是他们心中的苦难。历朝历代，农民起义，往往用宗教开路。
就拿元末农民起义来说，不正是摩尼教(明教)、白莲教等若干民间秘密宗教汇集而成的洪流?当时的宗教预言，就是“弥勒降生，明王出世”，而且宣扬“天遣魔兵杀不尽，世上能有几人平;待看日有双平照，杀尽不平方太平”。
为什么老百姓会害怕宗教恐吓?
正如马克思所说：宗教里的苦难，既是现实的苦难的表现，又是对这种现实的苦难的抗议(《〈黑格尔法哲学批判〉导言》)。
这个意思其实并不难明白。为什么相信这些宗教恐吓的，大多都是生活在社会底层的弱势群体?因为社会不公导致广大下层民众常常在温饱线或者生死线上苦苦挣扎，他们脆弱的心灵已经承受不了任何灾难。宗教，是苦难者的叹息。缺乏安全感的人们，正是宗教预言的猎杀目标。
所以，归根到底，宗教恐吓的威力，往往与社会的黑暗成正比。君不见，民间秘密宗教流行之时，往往是一个朝代最腐败、最不可救药的垂死的前夜?
第三条，拜上帝教的确有其严格的教规教条，但并不是要控制教徒的人身自由。相反，正是教徒对教条的信奉，才形成严明的纪律，并为日后起义打下了基础。
第四条，拜上帝教后来设立的圣库，其实是公有制的仓库，供全体教众平等享用，并非洪秀全一人之小金库。当然，洪秀全后来不断演变成君主，与其他高层领导享受着超越一般会员的物质生活，这其实是等级制度的反映。就整体而言，圣库的设立，最重要的目标，不是为领导聚财。
第五条，洪秀全先后有过八十多个王娘，这个没错。但这并不是说洪秀全创立拜上帝教的目的，就是为了多要几个女人。事实上，这些王娘，大多并非教徒;而且洪秀全宫中生活的淫乱程度，并不与拥有的女人人数成正比。
显然，简单地用公式套拜上帝教，容易蒙住智慧的双眼，捡了芝麻丢了西瓜，只见树木不见森林。
模仿清朝，将拜上帝教称之为邪教，是可笑的人云亦云;依照今日，将拜上帝教称之为邪教，是可悲的以今诬古。
拜上帝教不是邪教，也不是梁发想要传播的基督教。
拜上帝教的核心理论，不是基督教所提倡的精神超脱、灵魂不朽、实现博爱、来世进入天国，也不是要颠覆人类社会;相反，而是要在崇拜上帝唯一真神的前提下，斩邪留正，建立人间天堂。
基督教是教人们忍受现实中的苦难，把希望寄托在来世的天堂;拜上帝教是鼓励人们通过自己的努力，把天堂从来世的虚幻变成今生的现实。